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Le 1er schéma de structure de concertation sociale bruxelloise date des lois de régionalisation provisoire de 1979. C'est un arrêté royal de 1988 qui crée le Conseil économique et social régional bruxellois.

Cet organe rassemble, en plus du banc syndical et du banc patronal, des parlementaires bruxellois de la Chambre des Représentants. Il est présidé par le Ministre-Président du Gouvernement bruxellois.

Les grandes réformes du paysage institutionnel bruxellois en 1989 nécessitent de réorganiser et restructurer la concertation.

L'ordonnance du 8 septembre 1994 crée le Conseil économique et social de la Région de Bruxelles-Capitale (CESRBC), devenu Brupartners le 1er juillet 2020.

Brupartners est officiellement installé le 11 mai 1995. Il rassemble alors uniquement les interlocuteurs sociaux interprofessionnels, selon une composition égale entre les membres du banc patronal et les membres du banc syndical.

Le Comité bruxellois de concertation économique et sociale (CBCES) est créé par une ordonnance du 16 janvier 1997 pour organiser la concertation entre les interlocuteurs sociaux et le Gouvernement bruxellois. Cet organe tripartite réunit le Gouvernement, le banc syndical et le banc patronal.

Depuis 2004, l'équipe administrative de Brupartners assure le secrétariat de la Plateforme de concertation de l'économie sociale, devenue le Conseil consultatif de l'entrepreneuriat social en 2018.

En 2006, le Gouvernement octroie le statut d’organisme public à Brupartners et fixe le cadre de son personnel. Ce nouveau statut permet d'adapter la gestion de l’équipe administrative aux missions de Brupartners.

La même année, le Secrétariat de Brupartners assure le secrétariat de la Chambre des classes moyennes, devenue Brupartners - Entrepreneurs Indépendants.

Depuis 2011, le Secrétariat de Brupartners assure le secrétariat de la Commission consultative en matière de placement et de la Plateforme de concertation en matière d'emploi.

L'ordonnance du 3 avril 2014 établit un Observatoire des prix de référence dans les marchés publics au sein de Brupartners.  Il aide les acheteurs publics bruxellois dans leurs procédures de marchés publics pour, à terme, lutter contre le dumping social.

La même année, le Secrétariat de Brupartners assure le secrétariat de l'Assemblée des Instances Bassin Enseignement qualifiant - Formation - Emploi (AIBEFE), de concert avec le Secrétariat du Conseil économique, social et environnemental de Wallonie (CESE Wallonie).

La fonction de Coordinateur de la Stratégie Go4Brussels 2025 naît en 2015 au sein de Brupartners pour coordonner le suivi des chantiers de la Stratégie.

Le Service de Facilitation sectorielle arrive la même année. Il a pour but de renforcer les politiques qui mêlent emploi et formation en collaborant avec les secteurs économiques de Bruxelles (construction, HORECA, transport et logistique, etc.) et les institutions publiques concernées (Actiris, Bruxelles Formation, VDAB Brussel, etc.).

Depuis 2015 également, le Secrétariat de Brupartners assure le secrétariat de la Commission d'agrément pour congé éducation-payé et de la Commission fonds de formation titres-services.

Depuis 2016, le Secrétariat de Brupartners assure le secrétariat de la Commission consultative d’agrément des entreprises de titres-services.

Depuis 2017, le Secrétariat de Brupartners assure le secrétariat de la Commission stratégique de hub.brussels (l'Agence bruxelloise pour l'Accompagnement de l'Entreprise), en collaboration avec les services de hub.brussels.

En juillet 2020, le CESRBC change de nom et devient Brupartners. 

Depuis 2020 également, le Secrétariat de Brupartners assure le secrétariat du Conseil de l'Environnement pour la Région de Bruxelles-Capitale.

Fin 2021, Brupartners se dote d'une nouvelle ordonnance.